diff -uNr 変更前ファイル 変更後ファイル > hoge.patch
u : unified 出力形式
N : ディレクトリを比較する際、 片方のディレクトリにのみファイルが存在していたら、 もう片方のディレクトリには同名の空っぽのファイルがあるように動作する。
r : ディレクトリを比較するとき、 見付かったサブディレクトリをすべて再帰的に比較する。

patch < hoge.patch